私立銀成学園高校の2年生武藤カズキはある日の夜、廃工場で巨大な怪物に襲われていた少女を助ける。だが、カズキは怪物によって心臓を貫かれ殺されてしまった…はずだったが、それは彼の中で悪夢となっており、翌朝も無事だった。
昨夜何が起こったのか分からないカズキの前に夕刻、再びあの怪物が現れる。怪物の名称は「ホムンクルス」。人に潜み人に化け、人を喰らう怪物（モンスター）だ。昨夜のカズキの死は、事実だったのだ。
危機に陥るカズキだったが、彼の体の中には失った心臓の代わりに「ある物」が埋め込まれていた。その「ある物」とは、錬金術の粋を集めて精製された超常の合金、核鉄（かくがね）。核鉄が秘めし力は「闘争本能に呼応して発動する、“唯一無二の武器の創造”」。
その核鉄を埋め込んだのは昨夜カズキが命を張って助けた少女だった。
「“錬金術”によって造られたホムンクルスは、同じ“錬金術の力”以外では斃せない」朧気に蘇ってきた少女の言葉に助けられ、カズキの学校の教師に成り済ましていた蛇のホムンクルス・巳田に飲み込まれた妹・まひろを救う為にカズキは叫ぶ。
「武装錬金！」
核鉄から創り出した突撃槍（ランス）の武装錬金の力で、カズキはホムンクルスを撃破し、まひろを救出する。そこに昨夜助けたあの少女が現れ、ホムンクルスにトドメを刺す。彼女、津村斗貴子も武装錬金の使い手だった。ホムンクルスはまだこの町に潜んでいる。町を、人々をホムンクルスから守る為にカズキはホムンクルスと戦う事を決意。今、カズキと斗貴子の戦いが始まった。
第一話 新しい命第二話 ホムンクルスの正体第三話 キミは少し強くなった第四話 もう一つの新しい命第五話 守るべき人のために第六話 黒死の蝶第七話 もし君が偽善と疑うのなら 第八話 寄宿舎の夜第九話 早坂姉弟第十話 君と俺は相性がいい第十一話 死が二人を別つまで 第十二話 カーニバル 第十三話 死の胎動 第十四話 キミは誰だ？ 第十五話 中間の存在 第十六話 新たなる力 第十七話 夜が明けたら 第十八話 逃避行 第十九話 君さえ守れれば 第二十話 想いと力を込めて第二十一話 GONE INTO FLAME 第二十二話 決断を要す 第二十三話(1/2) BOY MEETS BATTLE GIRL第二十三話(2/2)第二十四話 キミが死ぬ時が私が死ぬ時第二十五話 代わりなどいない第二十六話(最終話) ピリオド
